人類は激しい戦いの末、地球外機界生命体ゾンダー・機界新種との戦いに勝利した。
それから数年が経った西暦2007年、GGGは犯罪組織バイオネットとの戦いに奔走していた。
そんな中、宇宙に旅立った天海護がギャレオンと共に帰還する。
だが彼は世界中のGGG施設を強襲、当時地球上から相次いで発掘されていた物質「Qパーツ」を収集する。